17 октября 2011 года следственным управлением Следственного комитета Российской федерации по Саратовской области возбуждено уголовное дело по признакам преступления, предусмотренного ч. 1 ст. 286 УК РФ, по факту превышения полномочий должностными лицами Правительства Саратовской области.
По версии следствия, в декабре 2010 года должностные лица одного из министерств и комитетов Правительства Саратовской области совершили действия, явно выходящие за пределы их полномочий, выразившиеся в принятии незаконного решения о вводе данного объекта в эксплуатацию по этапам, в то время как весь объем работ, предусмотренный проектно-сметной документацией, выполнен не был, а также в выдаче не уполномоченным органом разрешения о вводе «Областного перинатального центра» города Саратова в эксплуатацию на основании документов, не отвечающих требованиям, установленным Градостроительным кодексом РФ.
В настоящее время проводятся следственные действия, направленные на установление всех обстоятельств совершенного преступления. Расследование уголовного дела продолжается.